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1998年，在本院成立了我国第一所中美合作的北京功能神经外科研究所。随后，经北京市卫生局和首都医科大学批准，先后成立北京市脑血管病中心、首都医科大学脑血管病研究所、首都医科大学神经病学研究所、首都医科大学血管外科研究所、首都医科大学肺癌诊疗中心和北京市神经疾病医疗中心。

这些临床与基础研究紧密结合的医疗研究实体，主要包括神经内科、神经外科、功能神经外科、神经介入放射、神经电生理、神经病理、神经药理、神经康复、基因和细胞诊断治疗、医学影像、社会医学、急救医学等学科，构成了综合实力居于国内领先地位的宣武医院神经病学集团。此外，本院在普通外科、心血管内/外科、血液科、医学影像学和中西医结合治疗等方面也具有特色与实力。

目前，宣武医院拥有近300名高级职称的专家。其中许多人在美国、加拿大、日本、新西兰获得博士学位，有的还成为国外学术团体的高级会员或测册医师。医院科室设备齐全，共有35个中、西医临床科室、13个医技科室和14个基础、临床实验室。磁共振仪、全身CT、螺旋CT、彩色多普勒、全身血管造影数字减影系统、双C臂数字减影血管造影、ECT等较为完备的精密诊疗设备，为医生的正确诊断提供了可靠的依据。宣武医院的手术室目前在全国是第一流的。1960年，我国神经科学的第一个研究机构--北京市神经外科研究所诞生在这里。受国家卫生部委托医院每年都举办全国神经外科和神经放射进修班，成为培育中国神经科医生的摇篮。几十年来，宣武医院在这一领域进行了全面深入的研究，并取得可喜的成就，为我国的神经科学事业做出了重要贡献。近5年来，宣武医院神经科学的优势得到更加充分的发挥。这得益于医院决策层对人才引进问题的高度重视。1998年成立的中国首家中美合作功能神经外科研究所，运用微电机导向立体定向手术(俗称为细胞刀)的方法，已经为1000多名帕金森病、扭转痉挛、舞蹈病、斜颈等运动障碍病患者施行了微侵袭治疗，取得良好的效果。设在宣武医院的"北京PET中心"，承担着全市医疗单位的诊断和科研任务，其在全身肿瘤、脑部疾病、心脏疾病方面早期诊断的价值，具有其他任何诊疗设备不可替代的作用。外周血干细胞移植，是当今医学界的热门，它为癌症的治疗打通了新的途径。宣武医院在这一领域，已有多年的实践经验。普外科对重症胰腺炎的临床研究在国内居于前列。其中急性坏死性胰腺炎的治愈率达到了国际先进的标准。作为宣武医院科研的重点，北京脑老化重点实验室进行的抗老化研究，神经分子生物学的研究，帕金森病的研究，都已取得了实质性的进展。